租用孵化器办公室的风险主要体现在两方面：一孵化器办公室是否合法？二是孵化器办公室不合法的话，公司会承担什么责任？公司的股东是否会因此承担责任？
孵化器办公室是否合法。
关于公司的住所，公司登记条例规定：“公司的住所是公司主要办事机构所在地。经公司登记机关登记的公司的住所只能有一个。公司的住所应当在其公司登记机关辖区内。”无论是有限公司还是股份公司，设立登记时需提交的材料均为“公司住所证明”。公司与孵化器办公室的提供方签订的合同，一般包含了公司租用提供方的物业开办公司的意思表示，尽管平均下来份额很少，使用起来也没有自有办公室方便，但是仍然符合公司登记条例的要求。工商部门往往以孵化器办公室没有实体经营场所为由，认定孵化器办公室违法，这是故意混淆了企业登记中的“住所”和“经营场所”这两个概念，不能以工商部门的个别违法执法行为推定孵化器办公室违法。 实际上，工信部、财政部、工商总局2012年7月12日发布的《关于大力支持小型微型企业创业兴业的实施意见》（工信部联企业〔2012〕347号）第三条规定：“放宽对经营场所的限制。按照法律法规规定的条件、程序和合同约定，允许创业者将家庭住所、租借房、临时商业用房等作为创业经营场所。申办个体工商户无法提交经营场所产权证明的，申请人可以持市场主办单位、各类园区的管委会（居委会、村委会）出具的同意在该场所从事经营活动的相关证明，办理注册登记。”尽管该条可能与物权法的相关规定冲突，有随意执法的嫌疑，但结合各地工商部门近两年开展的“集中办公区”试点，表明目前公司登记相当容易了。
公司股东是否会因此承担责任。 如果工商部门认定公司使用孵化器办公司作为住所是不合法的，面临的行政处罚是吊销营业执照和撤销公司登记（公司法第199条）。公司被撤销登记或者吊销营业执照的，公司因此解散（公司法第181条），股东应按照公司法的规定对公司进行清算，公司的债权债务清理完毕后，即可向工商部门申请注销公司登记。即便清理后发现公司资不抵债，股东只要不存在其他可能导致否定人格的情形，无需对此承担责任。对公司的债权人而言，要么放弃债权，要么申请破产。
总之，股东不会因为公司使用孵化器办公室而承担民事责任。这是2005年公司法的进步之处，公司经工商部门登记成立即具备法人资格，无论其登记事项是否有瑕疵。而根据1994年公司法，瑕疵设立的公司是不具备法人资格的，公司被撤销登记或吊销营业执照的，自始即无法人资格，股东应对公司的债务承担无限连带责任。